表面上看各藩軍隊在征伐長州藩的時候投入全部力量，實際上他們并沒有發動較大的戰事，最後通過多方談判才達成表面上的勝利，其他人可能不了解，但是朱永安心知肚明。為了獲得南明的全力支持，幕府将軍德川家茂選擇上洛，與朱永安等人共同商讨未來需要做的事情。

現在幕府已經獲得法國的支持，然而德川家茂可不傻，他知道法國現在幫助自己，無非是想在亞細亞和英國唱反調，避免英國在這裡“一家獨大”。所以德川家茂認為，遠水解不了近渴，自己必須抱緊南明這條大腿。

位于神戶海軍操練所被迫關閉之後，勝海舟自然是心中苦悶，他沒有回到江戶，而是來到京都尋找朱永安。

坂本龍馬已經創立“龜山社”，與薩摩藩進行貿易往來，為了解京都局勢，他跟随勝海舟到達京都的南明駐地。

發現坂本龍馬回來以後，陳玉松仿佛抓住救命稻草，他要求坂本龍馬暫時留在南明駐地，并且對他說：“由于你之前的行為，現在已經有人看你不順眼了，你最近這段時間不要到處走動。京都的消息靈通，不會耽誤你做生意。”

陳玉松沒有誇大其詞，坂本龍馬1862年脫藩以後，就有人将他視為眼中釘，再加上他之前做過海軍操練所的塾頭，無論是攘夷派還是守舊派，都相當不待見他。

公曆1864年11月，朱永安參與秘密會議，除德川家茂之外，還有将軍後見職一橋慶喜、會津藩藩主松平容保、桑名藩藩主松平定敬等人參與，此次會議使“一會桑政權”形成，幕府也和南明正式确立合作關系。

表面上參會的所有人和和氣氣，實際上朱永安有些憂慮。南明雖然繼承了清國留在京城的國庫，用雷厲風行的強硬手段驅趕英國人，收回關稅的自主權，并且沒收部分外國人的财産，但是南明需要繼續發育。不僅如此，留守于南明京城的其他穿越者，對于日本的态度比較微妙，若是直接為幕府撥出巨款，可能會引發南明政府内閣的激烈反對。

與德川家茂約定下次見面的時間以後，朱永安帶人回到南明駐地。看到勝海舟以後，朱永安對他說：“我的建議是你盡快回到江戶避避風頭，根據可靠消息，已經有不止一個人上書彈劾你，說你之前與攘夷派有接觸，恐怕居心不良。”