伊東甲子太郎已經成為新選組的參謀，他似乎認為距離自己的目标達成，已經越來越近，所以他開始煽動同樣抱有尊王攘夷思想的山南敬助，故意引導山南敬助脫離新選組。

由于新選組留下的史料并不完善，後人往往不理解山南敬助身為總長，居然私自從新選組脫逃的行為，實際上山南敬助的突然脫逃，與伊東甲子太郎關系很大。

事實上，山南敬助的心中搖擺不定，他的搖擺并非因為土方歲三制定的、嚴苛的局中法度，而是因為某些力量的介入，時局已經變得越來越複雜，若是自己貿然采取行動，很可能得不到什麼好處，反而把自己給搭進去。

或許是發現山南敬助遲遲不表态，伊東甲子太郎決定主動出擊，他私下裡找到山南敬助。

為了給出合理的解釋，山南敬助隻好說：“近藤和土方對風吹草動很敏感，而且南明人也在盯着新選組，所以我認為，現在還不是采取行動的絕佳時機。”

“南明人？啊，我想起來了，虎親王的侍衛加納總三郎，現在在新選組當劍術教練——他肯定是虎親王派來監視新選組的。”

山南敬助試探着問道：“會津中将似乎與南明人的關系不一般，所以虎親王對新選組做什麼事情，他都沒有過問。以後我們應該怎麼做？”

“去年發生的事情，無不表示南明人和尊王攘夷有着本質沖突，現在我們有三條路可以走。”

短暫的沉默過後，伊東甲子太郎面色嚴肅地說：“第一條，想辦法做掉南明的虎親王，讓南明人不得不離開。第二條，想辦法讓近藤和土方遠離南明人，給我們更多施展機會。第三條，我們直接逃走，去江戶謀求其他勢力的合作。”

伊東甲子太郎還是希望山南敬助先離開，然後自己再進行打算，說白了，他想讓山南敬助先趟雷。

山南敬助不是傻子，他了解伊東甲子太郎的想法，于是說：“虎親王身邊一堆高手，而且虎親王本人的水平你也知道，暗算這條路根本走不通。無論是近藤還是土方，都不可能因為你和我的三言兩語改變看法，更何況土方經常去南明駐地。至于第三條，我覺得，我們還是一起想辦法離開比較好。”