不周山被共工撞斷，導緻天塌地陷，共工之前搬來的黃河，長江和五湖之水順着地陷傾瀉而下，形成了史無前例的洪災。飛廉是風神，也是天道的木器，看到無數的生靈在洪水滔天中掙紮求生，他馬上化作一條超級大的木舟瞬間跳進了洪水中。
與此同時，蚩尤綻開雙翼，祝融和共工駕駛雙龍在天上飛行追随着飛廉的木舟，幫助把洪水淹沒的生靈和小矮人都一一救上木舟，或者是安置在高地。不久之後，一片汪洋的驚濤駭浪中，就看到飛廉化身的超級大木舟上，各種動物都有。
天上飛的鳳凰，孔雀，金雞，麻雀，烏鴉和喜鵲。地上跑的，獅子，老虎，大象，豺狼，狐狸，兔子，老鼠，黃鼠狼，貓咪。還有在地上爬的食蟻獸，螞蟻，蟑螂，蟋蟀，蝗蟲，疥螨，蟒蛇和跳蚤等等。洪荒天地生發出來的萬物萬類，都紛紛的被飛廉的大木舟給救起來，各種天敵在天地毀滅的危機時刻，也都擠在一起的和平共處的同舟共濟了。
蚩尤展翅在天上和駕駛雙龍的祝融，共工父子，一起在撈人撈動物的時候也都團結合作。特别是赤發的共工氏表現的特别英勇，遇到天塌陷的邊緣馬上就要砸到飛廉的木舟的時候，挺身而出的用自己的身體把天撐起來，給飛廉的木舟搶出時間脫身。
蚩尤看到共工的英勇的行為，也受到鼓舞，他是上古大力士，他張開翅膀同時又伸出八隻手臂，用他龍虎雙魄千年修來的神力幫助共工撐着天。祝融看到了也是主動的加入到支撐倒塌天際的救援中。三個神獸在天空的壯舉，赢得了天地衆生靈的尊敬。那些成百上千的鳥獸，蛇蟲和小矮人在木舟和高坡上紛紛地跪地感謝。
化天鏡前的昊天上帝，看到洪水滔滔中上古神獸放棄前嫌聯手合作的景象，臉上浮出一絲微笑，這是他對飛廉，蚩尤，和共工表現的肯定和贊賞。昊天上帝輕輕地松口氣 ，這次他派出飛廉到洪荒之地煉化萬物的策略算是做對了。面對新天庭的建立，他聽從了鴻鈞老祖的建議，很多事情不必要親自出馬，而是要找到合适忠實能幹的代理人。為什麼昊天這次感悟這麼深厚，這要從他和燭九陰的恩怨情仇的故事說開來，就是讓昊天作為帝王成長的非常重要的一課，祖龍事件。
昊天上帝也稱玉帝道君，即玉皇大帝，在東勝神州創建天庭，掌管天地衆仙。大家說他是盤古之子，也是有淵源的。因為昊天上帝是盤古沉睡之後，盤古身上的一個器官，盤古的心髒所化。正因為他是盤古的心髒所化，所以在某種意義上講，昊天上帝本能的為世間萬物操碎了心，先天下之憂而憂是刻在骨髓裡的成份。
他曆劫後化成仙聖後，昊天上帝大局觀和創世觀上頭，為了讓一片蠻荒瞬間化為生機勃勃的世界，不惜作惡，背後偷襲正在施法當中的祖龍，緻使祖龍真身隕落，其骨骼化為華夏大地的龍脈，成就了九州。
有了九州，天下的萬物品類就有了栖息生活的場所，就像人有了□□和靈魂依托的家園，故鄉，鄉裡鄉親，和世間萬物建立了彼此親密的聯系。九洲的多樣精彩的世界讓凡間日漸興隆發達起來。當昊天上帝覺得整個世界應該感謝他時候，沒有想到祖龍雖死，但是它也是從天地混沌之初就修煉的靈物，肉身雖然可以化為九州，但是魂魄在天地之間凝聚不散。并且祖龍的靈魂怨念極深，堕入九幽之中化為了燭九陰，成為鐘山之神，既為創造和毀滅入道的神隻，天地神隻都非常地忌憚它，它的來曆就是昊天上帝所為。
燭九陰後來殺上天來，不費吹灰之力便将昊天上帝斬殺，昊天上帝真身化為了天道還在天庭運轉乾坤，剩餘的一道執念化為分身逃遁而去。但這一道剩餘執念化出的分身，蛻變後法力盡失後讓昊天上帝受盡苦楚。
原來本為強大神隻，被燭九陰毀殺後，分身受盡那些魑魅魍魉欺辱，讓他受盡132000天地大劫。雖然昊天上帝身處險境，但是他還是操心天地大事。當年應龍斬殺刑天之後，他看到了蚩尤魂魄不散，擔心蚩尤變成第二個燭九陰來危害世界。于是昊天上帝的執念分身化為道童張有人，接近蚩尤。同時他靠近上古第一神獸的魂魄，不僅可以躲避燭九陰地報複，而且在常羊山負責看守蚩尤的頭顱，用歲月的陪伴來化解蚩尤的怨念。
他知道一旦化解了蚩尤的怨念，不僅可以解救了被蚩尤壓制的應龍，而且讓蚩尤無首肉身解開封印之後能夠為他所用。但是蚩尤被解封後，是福是禍昊天沒有完全的把握，所以他才把蚩尤的師弟飛廉，送進被他掌控的時空中解開蚩尤的封印。現在昊天上帝在化天鏡中看到應龍被救後，蚩尤完全心悅誠服的歸附了自己，高興的他馬上把飛廉和蚩尤送入遠古洪荒時空。想讓蚩尤和祝融，共工兩代神獸的愛恨情仇得到化解。
如果不周山不倒，就不會達成這個目的，隻有面臨危險，人們才會懂得合作。所以他的神識控制了大巫，挑動蚩尤和祝融父子大戰，接着又派三足金烏督促共工再次撞斷了不周山。看到現在天地萬物和諧互助的場面，昊天上帝的心結，才徹底走出遠古經曆的巫妖劫難陰影。
紫薇垣中央天道的功德榜上，展示出化天鏡截圖的畫面。洪荒天塌地陷的大洪水中，一個大木舟帶着天地萬物在逃命，同時展翅的蚩尤，和駕着雙龍的共工與祝融在用力的撐着倒塌的天空。衆仙看到了蚩尤，祝融，和共工的英勇壯舉。他們在封神榜上積攢功德的分數蹭蹭的直線上升，但是所有的衆人都沒有料到和注意到，化身木舟救萬物的會是飛廉，這就是昊天的手法和目的。
最後天庭的新風神榜上顯示最新封神和職位：封蚩尤為兵神，主管天下兵器和戰争；封祝融為火神，專管人間的火種竈台；封共工為水神，司天地水利之神；封共工的兒子後土為社神，即土地神。也就是千百年後，後來人們發誓時說的口頭禅，蒼天後土在上，就談的是後土，由此可見人們對他們一家三代的敬重。
這一次派遣風神飛廉行動圓滿結束，昊天上帝終于實踐了如何作為帝王運籌帷幄和管理部下。他一次就封了4個天地的大神，讓他焦灼的心有些安定下來。因為作為帝王最怕被架空。現在天庭紫微榜的主流骨幹基本是元始天尊的力量。為了平衡元始天尊，昊天封了人皇黃帝和炎帝的父親為北極中天的真武大帝，駐守天庭的北極，是天南地北的四方之首。這樣就不怕元始天尊和真武大帝誰鬧幺蛾子或者撂挑子。
可是這樣布局昊天上帝還是覺得力量薄弱，萬一他們兩個連個聯合起來，再加上一個自己宿敵的燭九陰。雖然自己法力很大可以運行天道，但是他們幾個天下老二的力量聯合，絕對讓自己夠喝一壺的。于是昊天上帝想到一定要扶持自己的力量，而且這個力量必須超過或者最起碼持平元始天尊和真武大帝。
思來想去，就隻有上古神獸，這些上古的創世之初的生靈，真身可以毀滅，但是魂魄會不停的轉世。這些魂魄都被心機深重的昊天，用法力封裝在不同的洪荒時空，沒有十拿九穩的收服辦法，是不敢把他們都放出來的。在上古大戰中死去，魂魄被封印的祝融和共工父子，得到魂魄的解封令上說，“等着風伯來帶你們出去。”
他們父子心心念念的等了一萬年，還在遠古洪荒打轉出不去。父子倆幾乎都失去信心了，那想到他們和蚩尤爆發激戰，蚩尤在不周山上大喊飛廉，“風伯，風伯，”
一下子就讓祝融和共工上頭，解開他們的封印魂魄的風神終于等到了，可以帶着他們離開的人來到。
激戰中的父子才顧不上蚩尤，趕忙來找飛廉報到。見到時機成熟，昊天用三足金烏發出了撞斷不周山的号令，共工看到萬年封印時間内，唯一能夠給他們送信息三足金烏，趕忙撞到不周山。因為萬年時間的封印業力已經讓他們靈魂歸化，骨子裡隻服從昊天上帝的指令。沒有想到，他們幾個上古的宿敵，能在洪荒天塌地陷時候臨時結盟，共同對付大洪水和救助生靈。
昊天心算自己手中力量籌碼，加上之前被飛廉救走的應龍，現飛到天庭是值守28宿中央，掌管着天庭上所有的星宿。現在昊天手裡現在已經有了上古的大神六員大将，這些神都是歸屬自己所封，再加上之前所封的上古十大神獸。昊天上帝作為天庭的主宰，有了一套自己頂尖的天地神靈的班子，與共同位居天庭老二的元始天尊和真武大帝，在天庭的政權力量上形成三足鼎立的碾壓之勢。
再說練就了龍虎雙魄的蚩尤，昊天早早已經安排好了，就是天庭的龍衛之首，專門對付燭九陰來找昊天報仇。看到故事情節發展都按照自己的劇本在走，信心爆棚的昊天上帝對着化天鏡吹了口氣，一瞬間，蚩尤，共工，祝融和木舟上的萬千生靈，都被飛廉的紫晶印給收進去。留下的飛廉馬上從木舟化為了雀頭鹿身的風神元神樣子，穿着諸天慶雲黃馬甲的他，看到眼前元天封印一團火花，就毫不猶豫的跳了進去。
化天鏡就是天庭的史記，所有的神獸的分值都在上面，隻有昊天有法力調動諸天曆史檔案頁面，這些檔案也是考核天庭諸神功績作為的憑據。天庭上的衆神看到紫微垣的新聞聯播，消息榜首的化天鏡截圖，都拍手叫好。
蚩尤，共工，祝融三個上古大神，早都名震九霄。衆仙在紫微榜前越聚越多，天庭發出慶祝的九霄鼓聲陣陣，萬道霞光噴薄而出。在這些火光中看到了牛頭鐵面，八隻手九個足的蚩尤展翅現身。跟着他身邊的是駕駛者雙龍的祝融和共工，父子倆都是人面和蟒蛇身體，不同的共工是一頭紅發。在空中他們坐下的雙龍吐着白氣，龍眼雄赳赳的盯着衆仙。
當當當，天空中一道金光閃過，九霄之上玉帝的畫像出現在星光背景的天幕中，蚩尤首先收起了元神，變身成為了一個高大肌肉猛男，他對着九天之上的玉帝三叩首，“臣蚩尤，感謝主上一千年的守護教化，今日元神歸來，任憑主上差遣。”
空間傳來玉帝的聲音，“蚩尤你好，你為上古十大神獸之首，非常高興你元神歸來。今封你為兵神。主管天地的兵器煉化和兵災之事。”
蚩尤，“謝謝昊天上帝，我一定緻命遂志。”