鸠摩智，藏地曾經的“大輪明王”，本是德高望重的修佛之人，當年卻因生出邪念貪着世上武功，前往大理攻進天龍寺，要搶奪天龍寺的鎮派之寶“六脈神劍”；後來更是憑借一身小無相功大鬧少室山，攪得中原武林一時不得安甯。後來在一處枯井之中他練功出錯走火入魔，将一身武功内力全部傳給了段譽，自己卻因禍得福大徹大悟重返空明，回歸吐蕃後擯棄舊塵一心鑽研佛理，成了德高望重的一代高僧。後來已年近百歲的鸠摩智為傳播佛法帶着自己收下的三個弟子在藏地四處雲遊，走到一處密林之中休憩之時聽到了一陣慌亂的腳步聲。鸠摩智循聲而至，就見一位手戴枷鎖衣衫單薄的少女躺在冰天雪地之中，氣息微弱奄奄一息，後面還有許多人舉着火把看樣子正在追殺這位少女。
鸠摩智作為得道高僧怎能見死不救？故而吩咐三個徒弟前去擋住追兵，自己從行李中找出一件棉袍裹在那少女身上。鸠摩智雖然功力盡失，但他的三個徒弟盡得他真傳，特别是三徒弟比古茹最受鸠摩智喜愛，練成了他的絕學火焰刀，在藏地之中已是一流的高手。那追趕卓如的護院家丁和被“主人”豢養的奴隸哪是這三人的對手，被三人輕松打倒幾個之後便吓得四處逃竄，再也不敢踏進那林子一步。
鸠摩智為了救這少女性命，決定結束雲遊，帶着她返回自己修行的大昭寺。一路颠簸卓如高燒不退胡言亂語，昏迷的時候多清醒的時候少，但鸠摩智從來沒有想過放棄這個少女的性命，親自對她百般照顧無微不至。過了幾日終于回到了大昭寺，鸠摩智連忙找出自己曾經在西夏靈鹫宮宮主那裡求來的丹藥給卓如服下，因着男女有别，他和三位弟子都是修法的僧人，卓如卻是相貌出衆的俗家女子，深恐自己廟中有人壞了修行，便将卓如安置在别院之内，從附近的寺廟中請來幾位尼姑給她更衣沐浴嚴加照看，除此之外不許任何人接近别院。
就這樣又過了多日，卓如才悠悠轉醒，隻覺自己躺在一處軟床之上，空氣中彌漫着佛香的氣味，身上蓋着黃色的錦被。卓如在她一十五年的人生中從來沒有感覺過如此的溫暖舒适，隻想在這裡多躺上一陣，可随後她就覺得又渴又餓，嘴唇幹枯喉嚨生疼，于是掙紮着坐起身來想要尋一些水喝。這時負責照料她的女尼走了進來，看到她醒了高興地趕緊從桌上拿起一碗水來遞到卓如手中，趁卓如咕嘟咕嘟大口喝水的時候去叫鸠摩智。
随後卓如就見自己昏迷之前看到的那個慈眉善目的老和尚走進屋來坐到自己身前，慢條斯理的詢問她的身世。卓如不敢将自己從前幹過的事情如實講來，隻說自己是被歹人賣做奴隸的良家女子，後來忍受不住才從“主人”家中逃脫出來。鸠摩智混迹江湖多年哪能看不出來卓如有所隐瞞，但他救卓如性命之時看到她的身上處處是淤青和鞭痕，想來她小小年紀就受了如此大的苦難，悲憫之心頓起，也就沒多追問苛責。
突然卓如捂着自己肚子，紅着臉羞答答地低聲說道：“我，我好餓。”鸠摩智聽了微笑着吩咐那幾位尼姑給卓如送來飯食。藏地佛教不講究吃齋茹素，但卓如多日未曾進食，若此時胡吃海塞便有撐死的可能。是以尼姑先給她端來了一小碗煮熟的牦牛肉，配着一小碟豆泥和幾張青稞餅讓卓如吃下。在之後的幾天中逐漸給她加大飯量，如是卓如将養了一個月，原本面黃肌瘦的少女臉上有了血色，展露出她顧盼生輝豔絕衆生的美貌。
這日鸠摩智又來看望卓如，卓如翻身從床上下來，對着鸠摩智恭恭敬敬行了三個五體投地的大禮，感念他救了自己性命。鸠摩智心中也備受感動，将卓如從地上扶起，笑着說道：“女施主不必客氣，救人一命勝造七級浮屠，我修佛之人必無見死不救之理。如今施主傷勢痊愈，在我這裡也多有不便，再休養幾日便可下山去了。”卓如聽鸠摩智如此說，以為他是要趕走自己，心中十分難受，跪在地上嗚嗚直哭。鸠摩智不解其意，柔聲問道：“女施主，你何故如此？”卓如嗚咽着哭道：“我家早就沒了，您也不想要我，下山之後難免再被人賣做奴隸，做奴隸的滋味我早已嘗夠了，真是生不如死。”随後卓如又哭着給鸠摩智行了個大禮道：“多謝大師救命之恩，我這一輩子從未過得像這幾日一樣舒坦，實在無顔再叨擾大師，隻待我來世再報答您的大恩大德。”說罷卓如毅然起身，抓起身旁一支藏刀就往自己脖子抹去。
鸠摩智萬萬想不到卓如竟是如此一個烈性女子，連忙握住她的胳膊慈聲說道：“施主何苦如此？老僧并非此意！”鸠摩智接着道：“隻是施主如此一位冰肌玉骨的女子，怎好常年住在我們寺廟之中？”卓如跪倒在鸠摩智腳邊流着淚說道：“如果大師不嫌棄，我願意作您的弟子，從此斬斷塵緣落發為尼!”鸠摩智看這卓如聰明伶俐又與自己有緣，心中本就喜愛，可在她眼神中卻感受到無邊的戾氣。但鸠摩智身為得道高僧，見卓如一片赤誠，又憐惜她的遭遇經曆，一向不收女徒弟的他竟為卓如破了例。
從此，卓如剃去一頭的秀發，一心一意随鸠摩智修習佛法，給寺廟打掃塵除，侍奉師父和師兄們的飲食起居。鸠摩智和三位師兄對她也如掌上明珠無比關切，在寺裡的吃穿用度皆為她盡量滿足，是以卓如雖然每天依然辛苦，心中卻是十分的幸福。因卓如是女子，鸠摩智并不讓她習武，隻教給她識字讀書，但他教徒弟習武之時卻從來不避諱卓如。鸠摩智所傳所授皆是天下最為上乘的武功，縱使有數十年根基苦功的武林高手僅憑旁觀也難以學得萬一，何況一個從未學過武功的卓如？其實卓如也并沒有因此埋怨師父，師父能夠收留自己她便已心滿意足，再加上她也從來沒有想過練功習武，就連此前那最基本的瑜伽術，她也許久未練拋在腦後。可誰知卓如在練武上竟有奇絕的天賦，雖然她從未想學，可師兄們一招一式，師父傳授的心法口訣早被她無意間記在了腦海之中。
日複一日，年複一年，卓如在大昭寺從青澀的豆蔻少女長成了傾國傾城的絕色美人，因着她還是落發的尼姑，怕自己的美貌橫生事端妨礙修行，故而每日都以白紗罩面。五年時間匆匆而過，卓如随鸠摩智将寺中的佛經古頁，中原典籍悉數研習，更精通了藏文，梵文，漢文，蒙文；也終于開悟化解了身上的一身戾氣。因她智慧過人，每每随鸠摩智開壇講法雲遊誦經，對佛法擁有自己的理解和見地，藏地皆稱她為大昭寺的“妙法神尼”。
此時的卓如隻希望親自給師父養老送終，之後便青燈古佛了此殘生。可無常的命運還是殘酷的将她捉弄，天下女子趨之若鹜的美貌對她而言卻像是揮之不去的詛咒。卓如的三位師兄都對她關照有加，而她的三師兄比古茹更是對她分外照顧。因比古茹年紀較小，隻比卓如大上五歲，長相俊朗健碩，武功又在三位師兄中最高，卓如對他微感傾心，跟他也最為親近。可卓如自知是了卻塵緣的尼姑，與三師兄之間總是點到為止，從來未有越禮之處。一日，比古茹将卓如喚到自己禅房，卓如不曾生疑帶着吃食欣然前去。進到比古茹禅房，三師兄還如往日一般溫柔大度，與卓如分享食物有說有笑。
可說着說着比古茹就開始對卓如動手動腳，一雙大手伸到她的敏感部位。卓如大驚失色連忙将他推開，大聲問道：“三師兄，你，你做甚麼！”比古茹笑道：“師妹，咱們師父有一門無上瑜伽密乘，乃是世上絕頂的武功，卻需男女二人同修方能練成。”說着比古茹展開一卷唐卡，伸手一把抱住卓如的細腰繼續說道：“師妹平素與我最為親近，可願意做我的明妃？師父對我最為器重，待他往生極樂之後我便會繼承他的衣缽，到時師妹便也能共享殊榮！”卓如往那唐卡上一看，隻見一男一女正盤坐在一起，做着不可描述的勾當，登時心中泛起一陣惡心，大喊一聲便掙脫比古茹環抱往門外跑去。不料比古茹身法迅速，攔在卓如身前，獰笑着罵道：“你這個賤人裝甚麼貞潔烈女，你以為我不記得當初師父撿到你時你那不知羞的模樣？不知你此前與多少男人行過苟且之事，如今在我面前作甚麼矜持！”卓如聽到這裡又氣又羞又臊，想到當初被“主人”下了藥昏倒在雪地之中，必是情不自禁做出了不合宜的舉止，可她最重自己清白從未有過輕賤之心，此時不欲與師兄辯駁，隻想趕快從他的禅房之中離開。
比古茹獸性大發，豈能輕易放過卓如，攔在門口就要對她用強。生死攸關之際，卓如本能的運起了曾經旁觀記住的火焰刀法，真氣迅速集中在掌緣運力劈向了比古茹胸口。比古茹怎麼也想不到那個從未學過武功的師妹竟能使出甯瑪派的至上絕學“火焰刀”，隻覺胸口一陣劇痛“噗嗤”一聲吐出一口鮮血，接着被打得從禅房之中破門而出，捂着胸口倒在地上。然而此時的卓如功力低微内力不純，雖然用出了“火焰刀”但威力比之正宗要小得多，不然這一掌下去比古茹哪裡還有命在。
比古茹捂着前心驚恐的看着不知所措的卓如，指着她的臉喊道：“好啊你這個賤人，原來一直在偷學師父的武功！”接着他迅速從地上爬起跌跌撞撞往鸠摩智的禅房跑去，竟要“惡人先告狀”。卓如腦中一片空白，呆呆的坐在地上望着自己的雙手，不知剛才發生了何事，過了許久就見大師兄和二師兄怒氣沖沖的走了過來，一人抓住她一條手臂，按着她的肩頭将她架到了鸠摩智面前。隻見比古茹正倒在地上口噴鮮血，哭着向鸠摩智說道：“今日弟子正在禅房打坐，師妹突然闖了進來，拿着師父的無上瑜伽密乘唐卡就要逼弟子與她同修，弟子不從想要請師妹出去，沒想到她竟然不由分說用出師父的‘火焰刀’打在我的胸口上，弟子受了重傷拼死逃了出來，這才有命來到師父面前。”随後比古茹假惺惺的對鸠摩智哭道：“師妹固然有錯，但也是我這個當師兄的未有給她做好表率，我們畢竟師兄妹一場，弟子願意原諒師妹，求師父對她開恩！”大師兄和二師兄都對比古茹這套說辭信以為真，不顧出家人的身份指着卓如一頓不堪入耳的辱罵，說她不知羞恥忘恩負義，以怨報德禽獸不如。卓如卻失魂落魄一般跪在鸠摩智面前一語不發，雙眼無神癡癡的垂着頭，仿佛什麼也聽不到一樣。
鸠摩智身為百年修為的得道高僧，久曆江湖七十餘載，哪能不辨是非輕易受人愚弄？他雙眼輕瞥便看出自己三徒弟雖然義正言辭道貌岸然，眼神卻鬼鬼祟祟躲躲閃閃，卓如則是真的呆在原地不知到底發生了何事。鸠摩智指着比古茹怒道：“小畜生，你真當老僧豬油蒙心了不成，看不出你滿嘴的诳言妄語？”比古茹見瞞不過師父，連忙跪在地上對鸠摩智一個勁的叩頭，用手掌自己嘴巴，求師父饒恕。大師兄和二師兄俱是耿直之人，見每日朝夕相處的老三居然如此卑鄙，想要強占師妹不成還颠倒是非反咬一口，不由火往上撞想要一同掌斃比古茹。
可比古茹畢竟也是由鸠摩智一手帶大，四位弟子之中又最受他喜愛，此時不由動了恻隐之心，便隻教大師兄和二師兄将他趕下山去，要他自生自滅永世不再相見。随後鸠摩智看向了跪在地上的卓如，輕輕走到她的身側将她扶起，詢問她如何學會的“火焰刀”。卓如噙着眼淚看向鸠摩智悲聲說道：“我，我不知道怎麼學會的，可我真的沒有偷學師父的武功！”鸠摩智見卓如情真意切不像假話，暗想莫非這女子竟是甚麼武學奇才？于是他讓大師兄二師兄附耳湊到他的身邊，吩咐幾句之後便閉眼打坐。大師兄和二師兄聽完心中雖有疑慮，但師父發話自己不敢不聽，便從卓如身邊走過，臨到她背後時突然雙雙出掌打向卓如後背。卓如感受到危險急忙往前一步，随後憑着本能雙手用出“火焰刀”接架住二人雙掌，竟一人将兩位師兄逼退了幾步。鸠摩智和兩位師兄俱都大為驚駭，誰能想得到大師兄和二師兄幾十載的苦功還敵不過隻旁觀過幾人練武的卓如。
鸠摩智心中明白，自己這個最小的女徒弟恐怕是藏地前所未有亘古絕今的天才。可鸠摩智對她視如己出，一心隻想她平平安安度過一生，考慮到她畢竟是一位女子，學會絕世的武功對她來說不但無益反而有害。故而從此指導弟子練功之時再也不讓卓如旁聽。卓如也明白師父的一片苦心，所以将武功的事情抛諸九天雲外，一意修心學佛識字讀書。
寒來暑往又過了五年，鸠摩智身患重病卧床不起，又有傳聞藏地出了一位奇才号稱“金輪法王”，在吐蕃風頭正盛一時無兩。卓如和兩位師兄并不關心甚麼“金輪法王”，隻想好好照料病榻上的師父，送師父最後一程。一日，鸠摩智喚來卓如，将自己手上的一枚指環遞給了她，指着大昭寺的大雄寶殿對她輕輕一笑，随後便央她下山去采買一些肉食。卓如拿着指環不知師父是何用意，但還是聽話的将它戴在了自己的手上，接着便拿起包袱獨自下山而去。
待卓如提着買好的牛羊肉回山之時，卻見大昭寺黑霧缭繞火光沖天，一群身着黃袍的番僧将大昭寺團團圍住。卓如心中咯噔一下，顧不得其他丢下手裡的肉食便往大昭寺跑去，遠遠卻聽見有人高喊：“快找那個尼姑，法王要得是那個尼姑！”便見大昭寺中十幾名番僧四處尋找着什麼，大師兄和二師兄渾身是血倒在地上。卓如的眼淚不受控制的從眼中流了出來，可她卻隻能緊緊捂住自己嘴巴不敢發出一點聲音。過了幾個時辰，一個身材魁梧的藏僧從大昭寺中走了出來，咬牙切齒一臉怒容，卓如看到他的臉時差點忍不住要叫出聲：那個所謂的“金輪法王”竟然是自己曾經傾慕的三師兄！
卓如跪在地上縮成一團，不敢發出一點聲音，眼淚好似河水一般在臉上奔流，她卻隻能無助的在地上抽搐顫抖，好像有一股巨力将她的靈魂從身體裡抽空。卓如就這樣哆嗦着在大昭寺外密林的冷風中待了一夜，身上被凍得全是冰碴，悔恨和愧疚猶如決堤洪水，難以抑制痛徹心扉。金輪法王尋不到卓如，也沒有找到鸠摩智藏着的武功秘籍，心中大為光火，率着手下的番僧對大昭寺大肆破壞，甚至将大雄寶殿中佛像的頭顱都打得粉碎。一番發洩之後，金輪法王暗想卓如應是自己逃走了，便要率領手下番僧追捕捉拿，一夥人也就接二連三下山去了。
卓如又心驚膽戰地躲了大半天才敢走出密林，飛奔至大師兄和二師兄身邊，卻見他們早已斷氣多時，屍體已經冰冷僵硬。她來不及悲傷趕緊前往師父的禅房，卻見鸠摩智胸口一個鮮紅的掌印，七竅流血死狀極慘。卓如噗通一聲跪倒在師父的面前，最後向他行了一個五體投地的大禮。随後她抱着師父的屍體走到禅院中間，将他和兩位師兄放在一起，跪在他們的身前呆若木雞，臉上沒有任何表情，甚至沒有落下一滴眼淚。卓如閉着眼睛望向蒼天，質問漫天諸佛為何不能護佑自己師父，為何忍心讓自己一次又一次的受盡折磨？她不住的怨恨自己，恨自己的美貌讓三師兄和師父為她反目，恨自己在最後沒能保護好師兄和師父，恨自己沒能送師父最後一程，甚至無法與他一同往生極樂。
卓如想過自我了斷，可她内心中卻生出了一個巨大而殘酷的欲念：她不能死，她要活下去為師父和師兄報仇。于是卓如仔細回想師父對自己最後的囑托，拿起手中的指環反複端詳，突然想起大雄寶殿的佛像手上好像有一個與這指環一樣大小的凹槽。卓如連忙跑到大雄寶殿，将指環戴到佛像手上，隻聽“咔吧”一聲異響，佛像身後出現了一道暗門，門中藏着的正是鸠摩智一生收集的武功秘籍。原來，鸠摩智早得到消息那金輪法王要殺上山來搶奪武功秘籍，他固然可以逃走，卻想着自己時日無多，何苦為多活那一日兩日費盡周折？這才喚來大師兄和二師兄，想要讓他們護着卓如下山，留下他自己面對那金輪法王。可他的兩個徒弟俱是忠誠正直之人，誓要留下來保衛師父，與他同生共死。鸠摩智沒有辦法，又怕自己的武功秘籍交托無人，他明白那佛像上的凹槽隻有每日負責打掃的卓如知道，也相信憑卓如的聰明一定可以想到，這才瞞着卓如将指環托付給她，讓她下山采買肉食，躲過了這滅門的劫禍。
卓如心裡逐漸清晰，世上的事并非一味忍讓逃避便能平安度過，而是要靠絕對的力量和狠辣的心腸。她不禁暗想，如果當初她下手再不留餘地一些将三師兄殺死在禅房，師父和兩位師兄是不是就不會落得如此下場。卓如心中知道，作為一個藏川的女子，如今擺在面前的隻有兩條道路：一條是靠自己的色相吸引有權有勢的男人，一條則是借助宗教蠱惑人心。卓如兩條路都要走，但卻再也不願屈居人下，她要做那個連佛祖也要敬畏的佛母，那個至高天上最高最高的孔雀明王。
卓如走進佛像後的暗門，七天七夜不吃不喝将鸠摩智收集的包括至高武學“小無相功”在内的武功秘籍全部記誦于心，随後便一把火将那世上無數人夢寐以求的珍寶燒的一幹二淨。卓如面無表情的緩步走出那個承載了她一生中最美好記憶的大昭寺，開始了她東躲西藏朝不保夕的流浪生涯。因為金輪法王在藏川勢力極大，卓如隻能一邊躲避那些密宗番僧的追殺，一邊修煉自己記誦的武功。