酒足飯飽之後，二人便鋪開圖紙，由阿衡講述如何布置破解那“紫薇九宮陣”。說道妙處，黃藥師站起身來連聲稱好。之後二人又交談了醫蔔星象，詩詞歌賦，真是酒逢知己将遇良才，直到黃藥師起身告辭之時依然意猶未盡。阿衡将黃藥師送至門口羞答答開口道：“藥，藥哥，那‘紫薇九宮陣’你既然會了，以後，以後還會來嗎？”黃藥師答道：“黃某還有許多需要阿衡指點，若阿衡不嫌棄，黃某日日前來請教！”阿衡笑道：“既然如此，明日藥哥需給我再帶個禮物！”黃藥師問道：“阿衡想要甚麼？”阿衡道：“今日你送我那個小人兒孤孤單單的，我想讓她有個伴兒！”黃藥師道：“那自然最好，可是該再刻個誰才好？”阿衡捂着臉嬌羞的說道：“你說呢！”關上屋門一路跑回了自己卧房，臉上好像火燒得一樣滾燙。
此後阿衡的屋中多了一男一女兩個木頭小人，她與黃藥師也互生情愫，但二人發乎情止乎禮，每日隻互相交流技藝，從未做任何越禮之事。這日阿衡帶着黃藥師來到水榭外的竹林，為他講述如何以石為将，以竹做兵，布下諸葛武侯的石門八陣。沒想到幾裡外一道白影飛速奔來。阿衡大驚失色，分開一片竹子對黃藥師說道：“藥哥，你快躲進去，千千萬萬不要出來！”黃藥師大為疑惑，卻聽阿衡說道：“我娘最讨厭外人，姊姊她若是發現你一定會沒命的！”黃藥師心說可笑，總以為阿衡坐井觀天不知天高地厚，本不以為意，可又拗不過她，隻得乖乖躲入竹林中。
不過半晌那白影便閃至阿衡身前，阿衡結結巴巴對馮靈素說道：“姊，姊，姊姊，你，你怎麼這個時候來尋我？”馮靈素道：“母親說許多時日未見到你，心中想念，便要讓我帶你回去陪一陪她！”還未等阿衡回話，馮靈素雙眼陡然化作蛇瞳，如同利劍一樣看向黃藥師藏身的竹林：“甚麼人？”足尖一點便來到了黃藥師身前。
黃藥師從未見過如此神速的身法，登時驚出一身冷汗。可他平素最為自負，早有心會一會阿衡的姊姊和母親，見馮靈素來者不善，便使出彈指神通打出三顆石子攻向馮靈素要穴。誰知馮靈素指作蘭花輕巧一拂，三枚石子随之碎為齑粉。黃藥師心中一顫，心道便是王重陽也絕無可能如此輕松化解自己的彈指神通，這女子到底是何方神聖？可此時已不容他多想，忙用出“落英神劍掌”向馮靈素猛攻。馮靈素腳步一蕩，眨眼已至黃藥師身側，伸手便拂向黃藥師太陽穴。黃藥師撤掌回迎，與馮靈素相對，隻覺全身酥麻無力，險些栽倒在地上。黃藥師額頭滲出層層細汗，心中暗自驚道：“這女子怎會如此厲害，就算王重陽在此恐怕都難以和她走上百合……”馮靈素往後蕩開一步，眼神瞬間放出無邊的殺氣，仰頭便要拔劍。
阿衡心中暗叫不好，若被姊姊拔出劍來，藥哥哪有命在？于是她趕忙攔在黃藥師身前，噗通一聲跪倒在地，向馮靈素乞求道：“姊姊，這事皆是阿衡不好，私自放他進得娘的地界。要罰便罰阿衡，莫要殺他！”阿衡話音方落，馮靈素瞬間消弭了一身的殺氣，低下頭溫柔的看着妹妹，輕聲說道：“阿衡，靈蛇谷幾十年來從未進過男子，此事我也做不得主，需回去禀報母親，讓她定奪。”阿衡急得哭道：“姊姊不要！要是被娘知道，藥哥他，他便死定了……”馮靈素長歎一口氣：“她不但是我的母親，更是我的主人，服侍她是我一生唯一的宿命。”她回過頭去冷冷說道：“阿衡，若是母親發話要取他性命，縱是你也救不了他。”說罷她身形閃動，眨眼間便消失不見。
黃藥師驚魂未定看着阿衡，低聲說道：“世上，世上怎會有如此高的武功……”阿衡回頭說道：“方才姊姊用的是‘天山折梅手’，世上百般武學皆含在其中，你這兩下子哪裡會是她的對手。”接着她流着淚說道：“藥哥，你快走罷，從此把我忘了，再也不要回來……”黃藥師忙道：“那，那你怎麼辦？”阿衡搖搖頭說道：“娘和姊姊疼我，不會拿我怎麼樣的，你快走啊！”黃藥師上前拉住阿衡手說道：“阿衡，我從第一次見到你，便歡喜你，傾慕你。我想接你回桃花島，我要娶你為妻！”阿衡聽罷破涕為笑，凝視着黃藥師眼睛說道：“真的？你可莫要騙我。”黃藥師笑道：“東邪黃藥師從不作僞，隻要阿衡願意，我便一生一世護你，愛你，絕不讓你受半分委屈！”阿衡聽罷滿臉幸福地點點頭，捧起黃藥師雙手說道：“那麼咱們快走，姊姊的淩波微步甚是厲害，走晚一點便會被她追上的！”于是黃藥師伸手抱起阿衡，運輕功逃出靈蛇谷去。
阿衡自被馮問樞撿去，十年來從未出過靈蛇谷。随黃藥師來到附近的鎮中，看到熱鬧繁華的街市開心地不得了，好像是長不大的孩子一般東張西望又跑又跳。黃藥師對阿衡情深似海百依百順，但凡阿衡想吃想要盡皆滿足，将阿衡寵得仿似公主一般。二人彼心相付，真是一對美滿的神仙愛侶。
可惜好景不長，二人剛往東行了幾日，正騎馬要穿過一片樹林之時，隻聽阿衡驚恐地指着身後喊道：“藥哥，靈素姊姊追過來了！”黃藥師回頭張望，果然見一個白影絕塵而來。黃藥師安慰阿衡：“阿衡莫怕，你我在此布陣攔她。”阿衡搖頭道：“不行，那奇門遁甲之術你我加起來也比不過靈素姊姊，她若要破陣比喝水都簡單。”黃藥師道：“那，那該如何是好……”阿衡斷然道：“生既然做不得夫妻，死便死在一起。”
未過多久，一道白影閃到二人馬前，馮靈素眼化蛇瞳瞥了那駿馬一眼。“啊策策策策……”那駿馬一陣嘶叫，當場被吓得絕氣身亡。黃藥師飛身抱着阿衡落在地上，二人十指相扣視死如歸一般看着馮靈素。馮靈素毫無一絲感情的說道：“阿衡，你為何偷跑出谷，難道是受了他的蠱惑？”阿衡搖頭道：“我與藥哥真心相愛，是我自己決意随他回桃花島的。”馮靈素不解道：“此人武功平平，有哪點值得你離開母親？”阿衡流着淚說道：“姊姊，你不懂，這世上并非隻有武功才是最重要的。你和娘疼我愛我，我心裡最清楚，也知道對不起你們。可是有很多東西是你們給不了阿衡的。”馮靈素思忖片刻，對黃藥師說道：“小子，我娘命我來取你們二人首級，但若是你心甘情願授首，我便可饒阿衡一命。”黃藥師攔在阿衡身前問道：“此話當真？”馮靈素冷眼觀瞧默然不語。阿衡拉着黃藥師說道：“藥哥，你若是死，我絕不獨活。”誰知黃藥師趁阿衡不備點中她的穴道，對馮靈素說道：“此事皆因黃某所起，一人做事一人當，還請前輩回去後将一切罪過皆歸結于黃某，切莫苛責阿衡。”說罷橫過玉箫便要自盡。
誰知馮靈素彈指間便欺近黃藥師身前，伸手捏住他的手腕，淡淡說道：“你們走吧，回去之後我會告訴母親你們已被我親手斬殺。”順手解開了阿衡的穴道。阿衡從身後抱住馮靈素嗚嗚哭道：“姊姊，你瞞不過娘的……”馮靈素搖頭道：“無妨，快走……”閉上雙眼昂首朝天。黃藥師心領神會，拉住依依不舍的阿衡匆忙離去，隻餘馮靈素一人在林中怅然若失。她從蛋中孵出來的那一刻起，便跟随母親左右。母親對自己恩重如山亦母亦主，自己一身武功皆由她傳授。馮靈素四十餘年以來對母親言聽計從，從未做過一件忤逆母親之事。可今日，她看到阿衡與黃藥師真心相愛死生不負，實在是對自己親生妹子一樣的阿衡下不了手。隻要阿衡快樂，自己便替她二人死又有何不可？想到這裡，馮靈素一聲長歎，飛身回往靈蛇谷去。
三日之後靈蛇谷，一處精緻的小閣之中，靈蛇谷主馮問樞盤坐正中閉目撫琴。馮靈素神情肅穆緩緩走近，“噗通”跪倒在母親面前。馮問樞頭也不擡随意問道：“靈素，阿衡和那男人的首級呢？”馮靈素低聲說道：“我已将二人親手殺死，但怕母親看到阿衡傷心，這，這才将她就地埋葬，沒有帶回來……”馮問樞道：“做得不錯，下去歇息吧……”馮靈素不敢置信，顫聲道：“母，母親不處罰靈素嗎？”馮問樞随口道：“你既已将她們殺了，我罰你作甚。”馮靈素心知肚明，長舒了一口氣。給母親磕了三個響頭便退下了。
阿衡随黃藥師回到桃花島後，未過幾月便擇吉日成婚。婚後黃藥師更是對阿衡一心一意，極盡寵愛之能事。黃藥師雖然性情孤僻狂放不羁，但在妻子面前卻溫柔體貼，從來沒有違過阿衡心意。七八年裡伉俪情深琴瑟和鳴，日子過得幸福美滿。直到阿衡二十四歲那年懷有了身孕，處處不便煩惱不已，更是暴躁易怒，動辄便發脾氣。可黃藥師隻耐心的千哄百勸，直到阿衡消氣為止，從來沒有一刻不耐煩。夫妻二人滿心歡喜等待着腹中孩子的出生，可這時，一個人的出現卻打破了原本的平靜。
那一年王重陽病故，他的師弟周伯通奉師兄遺命，護着經書南下。阿衡聽說此事之後找到黃藥師，将身子依偎在丈夫懷中對他說道：“藥哥，你還記得那日靈素姊姊放走你我之事嗎？”黃藥師笑道：“性命攸關哪能記不得呢？”阿衡道：“我娘神通廣大，她若真想殺你我，便是躲到天涯海角也無濟于事。你我能夠在這桃花島上快活，定是因為娘不忍心，這才故意讓靈素姊姊來殺我們。”黃藥師問道：“阿衡為何突然想起這些事來？”阿衡嬌聲道：“我離開靈蛇谷這麼多年，都還從來不曾回去看過我娘，如今思念得很。不如你我以孩子出生為由，請我娘來桃花島做客，一來咱們正可向她老人家賠罪，二來我還可以陪一陪她。”黃藥師寵溺道：“我自然都依夫人。”阿衡轉了轉眼珠又說道：“她老人家那麼老遠來一趟，咱們可不能空着手迎接啊。”黃藥師道：“夫人說得極是，我桃花島上珍寶不計其數，咱們挑選幾件最為珍貴的奉給你娘。”阿衡哂道：“呸呸呸，我娘怎看得上你那些破爛？”黃藥師又道：“那，那我選幾件高深的武學典籍贈送與她可好？”阿衡樂道：“我娘的武功通天徹地，你那些武學哪裡入得了她的法眼？”黃藥師為難道：“那我實在想不出還有甚麼能送給前輩了。”阿衡壞笑着說道：“我聽說王重陽的師弟周伯通正帶着那《九陰真經》在南下途中，不如咱們如此這般，将那經書騙來，送予我娘賠罪？”黃藥師聽後不住搖頭：“那王重陽與我乃是故交，我又怎好用這樣的手段欺騙他的師弟？”阿衡癟嘴道：“我問你，他師兄為何命他帶書南下，還不是怕那經書落于惡人之手？這世上又有甚麼地方比放在我娘那裡更為合适？我們這不是欺騙于他，而是助他完成師兄遺命！”黃藥師聽罷初時還覺不妥，可拗不過阿衡的小性子，最後隻得從命，以阿衡過目不忘的本事騙得了《九陰真經》。
《九陰真經》到手之後，阿衡心情大好，每日既盼望着自己肚裡孩兒出生，又期待着與母親重歸于好。可是天不遂人願，黃藥師的徒弟梅超風與陳玄風私通，被曲靈風看到報與黃藥師。黃藥師心中覺得可笑，對阿衡說道：“他們既然兩情相悅，便大大方方來告訴我便是，何苦偷偷摸摸的呢？”阿衡笑道：“還不是藥哥平日裡對他們太過嚴厲，他們怕你責罰自然不敢同你明說。既然這樣，不如将他們叫過來，咱們給他們許婚可好？”黃藥師點頭應和，吩咐曲靈風去喚梅超風，陳玄風二人見他。誰知曲靈風早傾心與梅超風，誤解了黃藥師的意思，洋洋得意對二人說道：“師父現在已經知曉你們二人作下的勾當，命我喚你們去見他，你們的好日子便要到頭了！”梅超風，陳玄風二人心中害怕，這才铤而走險盜走了《九陰真經》判出桃花島。
阿衡聽說《九陰真經》失竊真如五雷轟頂。請帖早已寄往靈蛇谷，眼看母親馬上便要前來桃花島，阿衡萬念俱灰，強行再次默寫《九陰真經》，可此時她将近臨産，記憶也已模糊，所以默寫下來的經書殘缺不全。阿衡心力交瘁加上焦慮，自責，終于在孩子出生那日難産身亡。她死時手中緊緊攥着那塊從不離身的玉佩，年僅二十四歲。
黃藥師萬念俱灰，本想陪愛妻同死，可是又害怕蓉兒無人撫養，這才做了一個重大的決定。他先是佯作遷怒衆弟子，将他們挑斷腳筋趕出桃花島。又遣散了島上的啞仆。将小黃蓉放在阿衡的身體旁邊，望着愛妻冰冷的面龐空自垂淚。
馮問樞于靈蛇谷收到請帖，說阿衡的孩子不日便要出生。馮問樞本就想念女兒，看到請帖笑得合不攏嘴，帶着馮靈素千裡迢迢趕往桃花島。可到達島上卻隻看到失魂落魄的黃藥師和女兒毫無生機的屍體。黃藥師看到馮問樞先是一驚，随後便視死如歸仿若不聞，隻呆呆的望着愛妻目不轉睛。馮問樞勃然大怒，命馮靈素殺死黃藥師。馮靈素仰頭朝天，一柄長劍從口中緩緩吐出，她持劍在手刹那間便直取黃藥師。誰知這時阿衡屍體旁的黃蓉突然發出了一陣清亮的哭聲。
“且慢！”
馮問樞一聲大喊。可馮靈素長劍已然到了黃藥師身前，這時哪怕收招，光劍氣便可将黃藥師頭顱斬下。電光火石之間，馮問樞伸出雙指一點，兩道氣柱自指尖噴薄而出，将馮靈素的劍氣消弭于無形。馮問樞徑自走到床邊，望着小黃蓉嬌嫩的臉蛋兒，不由說道：“像，真像阿衡……”她輕聲問道：“她叫做甚麼名字？”黃藥師答道：“蓉兒，這時阿衡生前給她起的。”馮問樞雙目微閉背過身去，對黃藥師說道：“這孩子是阿衡的骨血，她不能沒有父親，你給姥子好生養她長大成人。若是讓姥子知道蓉兒受了半點委屈，拿你是問！”又吩咐馮靈素：“帶上阿衡，我們走！”馮靈素強忍悲恸，上前來抱阿衡的遺體，黃藥師喊道：“莫要碰她，你們要将她帶到哪去？”馮靈素冷冷說道：“帶她回家。”黃藥師愣了一下，想起二人成親後阿衡曾無數次的說起想念靈蛇谷，想念母親和姊姊，想念自己的“家”。或許，阿衡本就不屬于桃花島。如果不是自己，阿衡現在會不會還在那個汀香水榭陪着母親和姊姊，光着腳丫研讀奇門遁甲。黃藥師沒有阻攔，任馮靈素溫婉地将阿衡抱在懷裡，仿似她還有知覺一般。
馮問樞最後留下一句話：“你給我把阿衡的《九陰真經》找回來，不然便永遠别想見她。”說罷與馮靈素飄然而去。
因為對妻子的愛，黃藥師盡心盡力撫養黃蓉，直到黃蓉長大後，才不顧一切追查棄徒梅超風的下落，隻為找回《九陰真經》交予馮問樞，再見一見阿衡。後來在郭靖上桃花島提親之時，黃藥師終于尋回了《九陰真經》，他按捺不住再見妻子的激動，離島前往靈蛇谷，這也讓楊康和歐陽鋒找到了可乘之機，在桃花島殺害江南五怪，損毀了阿衡的衣冠冢。
黃藥師在靈蛇谷的寒玉冢中，再次看到了朝思暮想的阿衡。她一如當年的模樣，可自己，頭發和胡須卻皆已斑白了。真是：
十年生死兩茫茫，不思量，自難忘。千裡孤墳，無處話凄涼。縱使相逢應不識，塵滿面，鬓如霜。
夜來幽夢忽還鄉，小軒窗，正梳妝。相顧無言，惟有淚千行。料得年年腸斷處，明月夜，短松岡。
自此以後，黃藥師了卻心結，雲遊天下，縱情山水。直到那日遇到了那個長得與阿衡和蓉兒一般靈動的苗疆少女，便心血來潮，布下愛妻最為得意的石門八陣想要将她考較一番……